《黑夜传说》军团系统是游戏趣味性和交互性较强的一个系统之一，你可以花费金币或者钻石创建属于自己的军团，军团起名后无法更改，也可以申请加入其它比较强大的军团。
开启条件：加入军团或花费100万金币建立军团
军团长具有最高权限包括任命副团长和精英，接收和拒绝新团员，踢出军团成员，开启军团boss，升级军团等。需要副团长及以上权限成员，消耗一定量的军团资金和一定量的军团经验值，才能对所属军团进行升级，军团升级后，军团活动获得的奖励和提供的军团经验值也会获得相应的提升。
军团系统中玩家可参与玩家鉴宝、军团战、异界、据点战等活动，以此增加军团经验，还可以提高自己军团贡献度。
据点战：玩家选择地图，通过战斗，可以占领该地图根据点。
异界：玩家可以个人参加或是组队参加，通过异界副本获得不同档次的奖励，并会有积分，每周六晚上22:00，系统会根据排行榜发放军团奖励，23:00自动清理积分。
军团战：顾名思义，这是军团之间的战斗。
鉴宝：玩家可以把在日常副本获得宝物拿来鉴定，以提升军团经验与贡献度。